Berkaitan dengan resiko audit yang mungkin dan dapat terjadi pada dalam proses audit yang dilakukan pada Lembaga keuangan mikro. Resiko dalam proses audit yang dapat terjadi pada Lembaga keuangan mikro adalah :

  1. Resiko audit inheren. Merupakan kerentanan terhadap resiko yang berkaitan dengan salah saji yang bersifat material baik yang bersifat secara individu dan juga bersifat secara agregat. Dalam hal yang terjadi di Lembaga keuangan mikro maka resiko inheren bisa menjadi lebih tinggi karena volume transaksi yang tinggi dari transaksi yang terjadi pada Lembaga keuangan mikro termasuk dari pinjaman mikro yang diberikan. Hal ini bisa menyebabkan terdapat potensi kesalahan dan juga kecurangan. Selain itu juga resiko dari kondisi lingkungan yang kompleks dari Lokasi Dimana Lembaga keuangan mikro beroperasi yang sangat mungkin tidak stabil. Selain itu juga para pengguna jasa dari Lembaga keuangan mikro rata-rata adalah Masyarakat yang berpenghasilan rendah serta dan juga bisa jadi berada dalam kondisi pendapatan yang tidak begitu stabil
  2. Resiko Pengendalian. Merupakan resiko yang mungkin dapat terjadi dan tidak dapat diperbaiki serta dicegah oleh entitas melalui kebijakan pengendalian internal. Klhusus bagi Lembaga keuangan mikro terdapat peluang bahwa resiko ini akan menjadi tinggi karena adanya keterbatasan sumber daya berkaitan dengan investasi yang terbatas yang bisa dilakukan oleh Lembaga keuangan mikro. Juga adanya turn over staf yang tinggi yang biasa terjadi di dalam Lembaga keuangan mikro serta tersebarnya berbagai tempat dari kawasan operasional Lembaga keuangan mikro
  3. Resiko deteksi. Merupakan resiko yang mana prosedur audit yang biasa dilakukan oleh pihak auditor tidak dapat dideteksi akan kesalahan yang bersifat material. Adapun resiko deteksi yang dapat terjadi pada Lembaga keuangan mikro karena masalah data yang sangat mungkin terjadi terutama di daerah dengan kondisi infrastruktur yang buruk serta Tingkat pemahaman auditor berkaitan dengan tugas Lembaga keuangan mikro yang kurang tepat (mhy )